Звеното за вътрешен одит е на пряко подчинение на председателя на агенцията и осъществява вътрешен одит по Закона за вътрешния одит в публичния сектор.

Звеното по ал. 1 осъществява дейността по вътрешен одит на всички структури, програми, дейности и процеси в агенцията, включително на разпоредителите със средства на Европейския съюз и на разпоредителите с бюджетни кредити от по-ниска степен към председателя на агенцията, в съответствие с чл. 13 от Закона за вътрешния одит в публичния сектор.

Звеното по ал. 1 докладва чрез ръководителя на вътрешния одит директно на председателя на агенцията.

              Звеното по ал.1 :

1. Планира, извършва и докладва дейността по вътрешен одит в съответствие с изискванията на Закона за вътрешния одит в публичния сектор, стандартите за вътрешен одит, Етичния кодекс на вътрешните одитори, статута на вътрешния одит и утвърдената от министъра на финансите методология за вътрешен одит в публичния сектор.
2. Изготвя на базата на оценка на риска тригодишен стратегически план и годишен план за дейността си, които се утвърждават от председателя на агенцията, като годишният план се координира с годишния план на звеното за вътрешен одит на Министерството на държавната политика при бедствия и аварии.
3. Изготвя одитен план за всеки одитен ангажимент, който съдържа обхват, цели, времетраене и разпределение на ресурсите за изпълнение на ангажимента, одитния подход и техники, вида и обема на проверките.
4. Дава на председателя независима и обективна оценка за състоянието на одитираните системи за финансово управление и контрол.
5. Оценява процесите за идентифициране, оценяване и управление на риска, въведени от председателя на агенцията.
6. Проверява и оценява: съответствието на дейностите със законодателството, вътрешните актове и договори; надеждността и всеобхватността на финансовата и оперативната информация; създадената организация по опазване на активите и информацията; ефективността, ефикасността и икономичността на дейностите; изпълнението на задачите, договорите, поетите ангажименти и постигането на целите.
7. Консултира председателя по негово искане, като дава съвети, мнение, обучение и др. с цел да се подобрят процесите на управление на риска и контролът, без да поема управленска отговорност за това.
8. Докладва и обсъжда с председателя и с ръководителите на структурите, чиято дейност е одитирана, резултатите от всеки извършен одитен ангажимент и представя одитен доклад.
9. Дава препоръки в одитните доклади за подобряване на адекватността и ефективността на системите за финансово управление и контрол, подпомага председателя при изготвянето на план за действие и извършва проверки за проследяване изпълнението на препоръките.
10. Изготвя и представя на председателя годишен доклад за дейността по вътрешен одит, който го изпраща на министъра на държавната политика при бедствия и аварии в съответствие с чл. 40 от Закона за вътрешния одит в публичния сектор.
11. Осигурява повишаването на професионалната квалификация на вътрешните одитори и осъществява контакти с другите звена за вътрешен одит от организациите от публичния сектор с цел обмяна на добри практики.